Aunque no ocurre con frecuencia, es posible que una geodatabase de archivos se dañe y no pueda abrirse. Esto suele deberse a la eliminación de uno o varios archivos del directorio de la geodatabase de archivos. Estos archivos incluyen a menudo las tablas de esquemas del sistema (que contienen los nombres de archivos) y los archivos de metadatos de geodatabase que definen las relaciones y los tipos de datos complejos, como las topologías y las redes geométricas. La herramienta Recuperar geodatabase de archivos abre cada una de las tablas del directorio de la geodatabase de archivos dañada, lee el encabezado del archivo y crea una copia de cada tabla en una geodatabase de archivos nueva. Si las tablas de esquemas del sistema siguen apareciendo, se conservan los nombres de las tablas; de lo contrario, se asignan nombres nuevos.
La herramienta Recuperar geodatabase de archivos solo puede recuperar clases de entidades y tablas simples (punto, multipunto, polilínea y polígono). No se recuperan relaciones ni datos complejos, como anotaciones, datasets ráster y redes. Tras recuperar la geodatabase de archivos, tendrá que volver a crear los datasets complejos.