一般的に地理データはその分類に応じて個別のレイヤーに格納されます。たとえば、道路、土地区画、建物がそれぞれ別のレイヤーに格納されます。表示や検索の際に各レイヤーのデータを統合するには、各レイヤーが地表の場所を共通の方法で参照している必要があります。座標系はそのためのフレームワークとなり、 異なる地域のデータを異なる方法で参照するために必要なフレームワークも提供します。ジオデータベースの各レイヤーには、その場所のジオリファレンス方法を定義する座標系があります。
ジオデータベースでは、座標系と関連する空間プロパティが各データセットの空間参照の一部として定義されます。空間参照とは、各フィーチャクラスとラスター データセットに加えて、XY 座標および必要に応じて Z 座標と M (メジャー) 座標の座標解像度などの座標プロパティを格納するために使用する座標系です。さらに、標高を表す Z 座標を持つデータセットに対して、鉛直座標系を定義することもできます。これらのプロパティの詳細については、「空間参照のプロパティ」をご参照ください。