Версия сервера, на котором будет размещен публикуемый вами веб-инструмент, не содержит этого инструмента геообработки.
Если у приложения публикации (ArcGIS Pro) более новая версия, чем у сервера (ArcGIS Enterprise), и инструмент является новым в версии ArcGIS Pro, его не будет на сервере.
Решение
Обновите ArcGIS Server до версии, соответствующей ArcGIS Pro, либо до более новой версии.
Если обновление ArcGIS Server невозможно, вам нужно удалить инструмент из своего рабочего процесса и найти альтернативные инструменты, которые позволят вам достичь требуемого результата.