Публикуемый или упаковываемый пользовательский инструмент основан на DLL. DLL не консолидируются, так как пользовательские инструменты обычно нужно установить и, по возможности, настроить.
Решение
Убедитесь, что пользовательский инструмент установлен на компьютере с ArcGIS Server, прежде чем публиковать сервис геообработки.