根据 NetCDF 变量创建 NetCDF 栅格或要素图层时，可以选择维度或坐标变量来指定 X 和 Y 维度（或变量）。 无论是否存在 grid_mapping 属性，根据 NetCDF 变量创建的数据的空间参考均由坐标变量的单位来确定。
如果被指定为 X 和 Y 维度的坐标变量的单位分别是经度和纬度单位，那么数据将采用地理坐标系 (GCS)。 可接受的经度单位有：degrees_east、degree_east、degrees_E、degree_E、degreesE 和 degreeE。 类似地，可接受的纬度单位有：degrees_north、degree_north、degrees_N、degree_N、degreesN 和 degreeN。
如果被指定为 X 和 Y 维度的坐标变量的 standard_name 分别是 projection_x_coordinate 和 projection_y_coordinate，并且变量具有 grid_mapping 属性，那么数据将采用投影坐标系 (PCS)。 投影名称、类型和其他参数均由 grid_mapping 变量定义。
如果坐标变量的单位或 standard_name 不满足上述地理或投影坐标系的条件，那么数据的空间参考将被视为未知或未定义。 例如，如果创建栅格时使用的 x 坐标变量是以相应的 standard_name 作为 X 维度，以高度维度作为 Y 维度，则空间参考将为未知。
CF 约定指定了坐标系的部分元素，但未指定如何包含地理坐标系（基准面）部分。 因此，无论数据是参考投影坐标系还是地理坐标系，都始终假定坐标系为 WGS 1984。 投影坐标系基于地理坐标系，并且必须始终指定投影坐标系。 由于假定坐标系为 WGS 1984，因而实际上参考特定球体或其他椭球体（椭圆体）的数据可能不会与其他数据图层对齐。
有关格网映射和投影的详细信息，请参见 NetCDF 气候和预报 (CF) 元数据规定。